Eine umfangreiche Gegenüberstellung der Haltungsbedingungen von Tieren im ökologischen und konventionellen Bereich finden sie im Ratgeber "Biotiere" des Bioland-Anbauverbandes.

Flächengebundene Tierhaltung bedeutet, dass pro Hektar landwirtschaftlich genutzter Fläche je nach Tierart nur eine bestimmte Anzahl von Tieren gehalten werden darf. Damit wird die Belastung von Böden sowie Grund- und Oberflächenwasser durch Ausscheidungen minimiert und eine Überweidung verhindert. Die Tierhaltung soll die natürlichen Kreisläufe zwischen Boden, Pflanze und Tier fördern.

Die Tiere im ökologischen Betrieb stammen aus eigener Nachzucht oder aus anderen ökologischen Betrieben. Ausnahmsweise dürfen Tiere unter bestimmten Bedingungen aus konventionellen Beständen zugekauft werden. Nach dem Zukauf müssen sie eine tierartspezifische Umstellungszeit durchlaufen. So darf z.B. das Fleisch eines Schlachtrindes nur dann als Ökoware verkauft werden, wenn das Tier mindestens 12 Monate ökologisch gehalten wurde.

Die Gesundheit der Tiere steht im ökologischen Landbau stets im Vordergrund, nicht die maximale Leistung an Fleisch, Milch oder Eiern. Eine vorbeugende Behandlung mit  Medikamenten ist strikt verboten. Im Krankheitsfall werden bevorzugt Tierarzneimittel auf phytotherapeutischer (pflanzlicher) und homöopathischer Basis angewandt. Chemisch-synthetische Arzneimittel oder Antibiotika werden nach Möglichkeit gar nicht oder nur in Notfällen eingesetzt.

Werden herkömmliche Tierarzneimittel verabreicht, verdoppeln sich die gesetzlich vorgeschriebenen Wartezeiten vor der Schlachtung und der Vermarktung von Milch und Eiern. Die Erzeugnisse dürfen nicht mehr als Öko-Lebensmittel verkauft werden, wenn das Tier drei Mal innerhalb eines Jahres mit solchen Medikamenten behandelt werden muss.

Eine bedarfsgerechte Fütterung spielt eine wesentliche Rolle, um Nutztiere gesund zu erhalten. Der Einsatz von konventionellen Milchaustauschern ist im ökologischen Landbau verboten. Die Tiere müssen grundsätzlich mit ökologischen Futtermitteln gefüttert werden. Dabei sollte das Futter vom eigenen Betrieb stammen. Wenn dies nicht möglich ist, kann Öko-Futter zugekauft werden.

Ist eine ausschließliche Versorgung mit Futtermitteln aus ökologischer Erzeugung nicht möglich, durften bis 24. August 2005 je nach Tierart bis zu 25 Prozent konventionelle Futtermittel eingesetzt werden. Danach war ursprünglich geplant auf 100 Prozent ökologische Futtermittel umzusteigen. Da das Angebot an ökologischen Futtermitteln jedoch knapp ist, wurden die Übergangsfristen verlängert. Kritisch ist die Marktlage insbesondere bei eiweißreichen Futtermitteln, wie sie zum Beispiel zur Schweinemast erforderlich sind. Hier ist ein stufenweiser Abbau bis Ende 2011 vorgesehen: 2009 betrug der zulässige Höchstsatz an nichtökologischen Futtermitteln 10 Prozent, ab 1. Januar 2010 bis Ende 2011 sind nur noch 5 Prozent erlaubt. Wiederkäuer wie Milchkühe dürfen seit Januar 2008 nur noch Öko-Futter erhalten.